Centenas de supostos agentes de Batista eram policiais e soldados foram levados a julgamento público por violações dos direitos humanos e crimes de guerra, incluindo assassinato e tortura. A maioria dos condenados em tribunais revolucionários de crimes políticos eram execução por um pelotão de fuzilamento, e o restante recebeu longas penas de prisão. Um dos exemplos mais notórios da justiça revolucionária foi a execução de mais de 70 soldados capturados do regime de Batista, dirigido por Raúl Castro após a captura de Santiago de Cuba. Por outro lado, em Havana, Che Guevara foi nomeado promotor supremo na Fortaleza La Cabaña.
Isso fazia parte de uma tentativa em larga escala por Fidel Castro para julgar as forças de segurança leais de Batista e potenciais opositores do novo regime revolucionário. Outros foram demitidos do exército e da polícia, sem acusação, e alguns funcionários de alto escalão no antigo regime foram exilados como adidos militares. [18]
Em 1961, após a Invasão da Baía dos Porcos, o novo governo cubano também nacionalizou todos os bens detidos por organizações religiosas, incluindo a Igreja Católica. Centenas de membros da igreja, incluindo bispos, foram definitivamente expulsos do país, com a posição filosófica do novo governo cubano passa a ser oficialmente o ateísmo. Faria descreve como a educação das crianças mudou em Cuba se tornou oficialmente um Estado ateu: as escolas particulares eram proibidas e o Estado socialista assumiu progressivamente uma maior responsabilidade para as crianças. [19